Михаел Мартин Кофлер студирао је на музичким академијама у Бечу и Базелу, код професора Волфганга Шулца, Вернера Трипа и Петер-Лукаса Графа. Током студија, активно је похађао мајсторске курсеве код Орела Николеа и Андреа Жонеа.

На почетку своје каријере био је први флаутиста Омладинског оркестра Густав Малер, а касније и Минхенске филхармоније којом су дириговали Џејмс Ливајн, Кристијан Тилеман, Лорин Мазел и Валери Гергијев.

Мартин Кофлер добитник је награда на међународним такмичењима у Прагу, Бриселу, Барију, Илцену и на такмичењу АРД у Минхену, а добитник је и награде Аустријског министарства науке и уметности.

Од 1983. године Кофлер приређује солистичке концерте, рецитале и вечери камерне музике по Европи и у Јапану. Као редован и радо виђен гост, Кофлер је наступао са преко 90 реномираних оркестара, међу којима су Академија St. Martin in the Fields, симфонијским оркестрима – Минхена, Штутгарта, Прага, Москве, Салцбурга, Линца, Љубљане, Братиславе, Калгарија, Тел Авива, Хаифе, Мексика, Осаке, Кјотоа, Загреба, Варшаве, Београда, али и са камерним оркестрима из Минхена, Беча, Штутгарта, са Загребачким солистима, камерним оркестром Амадеус, Токијским градским камерним оркестром, Амстердамском симфонијетом, Будимпештанским гудачким солистима, Берлинским барокним оркестром, Прашким виртуозима, Класичном пољском филхармонијом, Аустријским камерним оркестром, Виртембершким камерним оркестром из Хајлброна и др.

Као солиста сарађивао је са диригентима, међу којима су Џемс Ливајн, Лорин Мазел, Сер Невил Маринер, Фабио Луиси, Дмитри Китајенко, Херберт Бломштет, Тон Копман, Бруно Вајл, Ханс Граф, Милан Хорват, Хуберт Судан, Андреј Борејко, Џонатан Нот, Казуши Оно, Гинтер Шилер, Павел Коган, и др.

Као камерни музичар, сарађивао је са пијанистима Паулом Бадуром-Шкодом, Ирвином Гејџом, Штефаном Владаром, Штефаном Кифером и Икујом Накамичом, са гитаристом Конрадом Рагоснихом, са харфистима Регином Кофлер, Хан Ан Лиу, Саром О’Брајен и Гзавијеом де Местром, затим са кларинетистом Мартином Шпангербергом, гудачима Бењамином Штрајхером, Вероником Хаген, Клеменсом Хагеном, као и са квартетима Мандерлинг и Моцарт.

Добијао је и позиве да диригује оркестрима, као што су Камерни оркестар југозападне Немачке, Филхармонија из Ђера, оркестар Капеле из Кракова итд.

Кофлер је предавач на универзитету Моцартеум у Салцбургу, а паралелно приређује мајсторске радионице по Европи, Кореји, Јапану и Кини. Жирирао је на значајним такмичењима, попут Међународног такмичења АРД у Минхену, Међународног флаутистичког конкурса у Кобеу, затим на такмичењима у Прагу, Кремони и другим.