Nakon angažmana u ulozi koncertmajstora nekoliko nemačkih orkestara, među kojima je Brandenburški simfonijski orkestar, Bruno Merze je studirao dirigovanje u Lajpcigu.

Ubrzo nakon toga, započeo je karijeru kao laureat takmičenja dirigenata u švajcarskom gradu Bilu, što mu je donelo poziv za njegov prvi koncert sa Kamernom filharmonijom iz Čeških Budjejovica. Potom je dobio poziv i za učešće na Festivalu kamerne muzike Lukas David u Limi.

Dirigovao je brojne nastupe i koncerte u Operi iz Libeka. Godine 2007. je postao solo violista Hamburškog simfonijskog orkestra, a 2010. je imenovan je za asistenta šefa-dirigenta tog ansambla, sera Džefrija Tejta. Od tada Merze redovno nastupa sa Hamburškim simfonijskim orkestrom i drugim nemačkim orkestrima, među kojima je i Štutgartska filharmonija.

Trenutno, Merze je šef-dirigent Kamernog orkestra iz Libeka i sa ovim ansamblom pretežno izvodi savremenu muziku.

U Hamburgu se takođe afirmisao kao operski dirigent. U Hamburškoj državnoj operi i Hamburškoj kamernoj operi ostvario je brojne nastupe, uglavnom sa savremenim repertoarom. Pored toga, dirigovao je i Mocartove opere Bastijen i Bastijena i Direktor pozorišta u dvorani Lajzhale. Bio je i asistent Tana Duna, prilikom rada na izvođenju kompozitorovog kompletnog ciklusa Orkestarsko pozorište, 2013. godine. Pod njegovom upravom je izvedena i premijera nove instrumentacije dugo izgublјene pantomime Čarobna noć Kurta Vajla.

Kao gostujući dirigent, Bruno Merze je nekoliko puta pozivan u Kinu, gde je sarađivao sa orkestrima mnogih gradova, poput Šangaja, Hangdžoua i Tjanđina.