Након ангажмана у улози концертмајстора неколико немачких оркестара, међу којима је Бранденбуршки симфонијски оркестар, Бруно Мерзе је студирао дириговање у Лајпцигу.

Убрзо након тога, започео је каријеру као лауреат такмичења диригената у швајцарском граду Билу, што му је донело позив за његов први концерт са Камерном филхармонијом из Чешких Будјејовица. Потом је добио позив и за учешће на Фестивалу камерне музике Лукас Давид у Лими.

Дириговао је бројне наступе и концерте у Опери из Либека. Године 2007. је постао соло виолиста Хамбуршког симфонијског оркестра, а 2010. је именован је за асистента шефа-диригента тог ансамбла, сера Џефрија Тејта. Од тада Мерзе редовно наступа са Хамбуршким симфонијским оркестром и другим немачким оркестрима, међу којима је и Штутгартска филхармонија.

Тренутно, Мерзе је шеф-диригент Камерног оркестра из Либека и са овим ансамблом претежно изводи савремену музику.

У Хамбургу се такође афирмисао као оперски диригент. У Хамбуршкој државној опери и Хамбуршкој камерној опери остварио је бројне наступе, углавном са савременим репертоаром. Поред тога, дириговао је и Моцартове опере Бастијен и Бастијена и Директор позоришта у дворани Лајзхале. Био је и асистент Тана Дуна, приликом рада на извођењу композиторовог комплетног циклуса Оркестарско позориште, 2013. године. Под његовом управом је изведена и премијера нове инструментације дуго изгубљене пантомиме Чаробна ноћ Курта Вајла.

Као гостујући диригент, Бруно Мерзе је неколико пута позиван у Кину, где је сарађивао са оркестрима многих градова, попут Шангаја, Хангџоуа и Тјанђина.