Михаела Зелингер започела је своју каријеру 2004. године у аустријским оперским кућама у Клагенфурту, Корушкој и Инсбруку. Од 2005. до 2010. године, била је чланица Бечке државне опере. Потом је уследио развој њене интернационалне каријере као оперске и концертне солисткиње, са успешним наступима на Оперском фестивалу Глајндбурн, у Минхенској државној опери, Ринској опери, Лионској опери, Националном театру у Токију, бечком Музикферајну, бечком Концертхаусу, са Симфонијским оркестром из Чикага, као и на Салцбуршком фестивалу. Њене најзначајније улоге су Октавијан у Каваљеру с ружом, Композитор у Аријадни на Наксосу, Керубино у Фигаровој женидби и Идаманте у Идоменеу.

У претходним концертним сезонама, Михаела Зелингер је гостовала у Римском оперском театру, где је тумачила улогу Керубина у Фигаровој женидби под диригентском палицом Рикарда Мутија. За Лајпцишку оперу је певала улогу Композитора у Аријадни на Наксосу, а у бечком Музикферајну је наступила у извођењу Бетовенове Девете симфоније под диригентском палицом Жоржа Претра. Певала је улогу Идаманте у новој продукцији Идоменео у Театру Алто у Есену, као и Моцартову велику Мису у цe-молу и Реквијем са Камератом Академиком из Салцбурга под диригентском палицом Луја Лангреа и Жузепа Кабаљеа Доменека. Певала је Соњетку у продукцији Леди Магбет Мценског округа Дмитрија Чернијакова 2016. године, као и Хану Арент у Бењамин, последња ноћ Мишела Табачника у Лионској опери. Била је позвана у Националну оперу Варшаве да пева улогу Брангене у Тристану и Изолди, а вратила се и на Салцбуршки фестивал за Штраусову Данајину љубав. У Националној академији Св. Ћећилије у Риму је певала Штраусовог Слепог миша, а ту улогу је поновила и у Минхенској државној опери. У Немачкој опери у Берлину дебитовала је као Валтрауте у Валкири, а са државним оркестром из Брауншвајга извела је Бергових Седам раних песама под вођством Стефана Солтеса.

Михаелин први наступ у Великој Британији био је на оперском фестивалу Глајндбурн  2011. године, у улози Магдалене у Вагнеровим Мајсторима певачима из Нирнберга.